Zele werd ca. 800 voor het eerst vermeld toen Karel De Grote het grondgebied schonk aan Sint-Lutgerus, stichter van de abdij van Werden (Essen, Duitsland). De bevolking van Zele was vermoedelijk al gekerstend. De monniken bouwden voor 1141 een proostdij en waarschijnlijk ook een eerste kerk. Een deel van het dorp, het kasteel van den Hoek, de proostdij en de kerk werden in 1452 in brand gestoken gedurende de strijd tussen Gentse opstandelingen en het leger van de Graaf van Vlaanderen. De monniken keerden definitief terug naar Werden. De kerk brandde opnieuw in 1485. In 1699-1704 werd de barokke Sint Ludgeruskerk gebouwd. Tijdens de tweede wereldoorlog leed de gemeente weinig schade. Ooit was Zele een textielcentrum, vooral door de vlasteelt en-bewerking. Enkele grote jutefabrieken zorgden voor het dagelijks brood van de arbeidersgezinnen. Het ophalen van klodden (vlasafval) schonk de Zelenaar de spotnaam van "Kloddezak".

De gemeente was tevens bekend voor zijn thuisarbeid: spinsters en naaldkantwerksters. In het grote industriepark (vanaf de zestiger jaren) is de industrie erg verscheiden: metaal, textiel, kunst- en glasvezel, voeding, drukkerijen, bouw- en wegenwerken. Het industriegebied werd rond 2010 uitgebreid met een nieuwe zone " Wijnveld".

De gemeente telt meer dan 22.000 inwoners.